有机肥料的原因在于有机肥料能提高土壤阳离子代换量，增加对镉的吸附。同时，有机质分解的中间产物与镉发生螯合作用形成稳定性络合物而，有毒的可溶性络合物可随水下渗或排出农田，提高了土壤自净能力。有机肥料一般还能减少铅的供应，增加砷的固定。,中国农业科学院土壤肥料研究所的研究表明，不合理、过多地追施氮肥，蔬菜体内的硝酸盐含量明显增加，特别是白菜、菠菜和生菜可食部分，硝酸盐高达1000μg/g，高者可达1700μg/g，而厩肥区仅为200～500μg/g，低仅几十个μg/g。对于西红柿和菜花类，采用有机无机肥配合，可使维生素C的含量提高16.6～20.0μg/g。,有机肥中的有机质能使板结的黏土得以疏松，又可使松散的砂土得以团聚，为大豆根系生长发育创造了良好的水分、通气、温度条件，促进植株地上部分生长发育。,施用有机肥料，有利于土壤微生物活动，促进作物生长发育。微生物在活动中或死亡后所排出的物质，不只是氮、磷、钾等无机养分，还能产生谷酰氨酸、脯氨酸等多种氨基酸，多种维生素，还有细胞分裂素、植物生长素、赤霉素等植物。少量的维生素与植物，就可给作物的生长发育带来巨大影响。,土壤有益微生物是取决于土壤肥力水平的重要标志之一，土壤中许多物质和能量转化成过程都必不可少土壤微生物，如有机质的矿化过程、豆科植物的固氮过程，都与土壤微生物的起到有关。,有机肥料富含作物生长所需养分，能源源不断地供给作物生长。除矿质养分以外，有机质在土壤中分解产生二氧化碳，可作为作物光合作用的原料，有利于作物产量提高。